反滲透膜的微生物污染重在反滲透前面的設備和管道防治，采用消毒滅菌的方法去微生物并防止其增殖，常用的方法有紫外線殺菌和藥品殺菌。

一、紫外線殺菌

紫外線是電磁波的一種，介于可見光與X射線之間，其范圍為100~400nm。紫外線波長越長，能量越低，但在水中的穿透能力越強；反之，波長越短，能量越高，但在水中的穿透能力越弱。根據紫外線各個波段 對生物的影響及功能，紫外線可分為UVA、UVB、UVC及V-UV。

UVC

波長介于200~280nm之間，其中240~280nm紫外線為細菌及病毒DNA所吸收，從而破壞細菌及病毒DNA，使其不能復制繁殖。DNA在265nm處具有最大吸收峰。

V-UV

采用紫外線殺菌完quan沒有藥劑殘留，也沒副產物的生成，消毒效果會依據作用對象的不同而不同。采用UV253.7在1~21mJ/cm2的照射劑量下可以進行細菌消毒（90%不活化）。

二、藥品殺菌

1、氯消毒

氯的殺菌效率主要取決于其濃度、水的PH值以及反應時間。在反滲透系統中，水中余氯維持在0.5～1.0mg/L以上。氯的投加量需要通過反復調試確定，因為水中其他有機物也會消耗氯。采用氯消毒，就好將pH值控制在4~6最佳。

2、二氧化氯消毒

二氧化氯（ClO2）作為消毒劑使用越來越廣泛，由于其物理、化學性質上的不穩定性使其無法貯藏，因此都在現場通過反應生成ClO2并直接使用，從發生原理上可分為電解法和化學法。

電解法

電解法二氧化氯發生器是根據電極反應原理，電解食鹽溶液產生ClO2、Cl2、O3及H2O2混合氣體。電解法產生的混合氣體，是一種氧化能力很強的氣體，但這種氣體中二氧化氯的含量很低，而氯氣的含量仍較高，所以仍會導致因加氯而產生的各種問題。

化學法

化學法二氧化氯發生器則以氯酸鈉（NaClO3）或亞氯酸鈉（NaClO2）為原料經化學反應來制取二氧化氯。

3、臭氧消毒

臭氧為氧氣的三原子形式，通過氧原子和氧分子的重新組合生成。臭氧具有ji強的氧化性和殺菌性能，是自然界zui強的氧化劑之一，幾乎對所有霉菌、病菌、病毒、真菌及原蟲、卵囊都具有明顯的滅活效果，且滅菌時間來說，迅速無比，是氯的300~600倍，紫外線的3000倍，20～200μg/L的臭氧濃度能有效抑制水中微生物的繁殖。